Geschichtlicher Rückblick
In der Gründungsurkunde des Klosters Wiesensteig vom Jahre 861 wird Merklingen als "Marchelingen" erstmals genannt.
Das Kloster erhielt neben vielen anderen Einkünften vom Helfensteiner Grafen Rudolf das Recht, in Merklingen den Zehnten, d.h. 10% Steuern, zu erheben. Wahrscheinlich ist Merklingen im 6. Jahrhundert von den Alemannen gegründet worden, als dieser Volksstamm die Albhochfläche besiedelte. Darauf weist ein Gräberfeld hin, das bei der Anlage des jetzigen Friedhofs entdeckt wurde. Der römische Gutshof, dessen Reste noch heute im Bannholz zu sehen sind, ist sicher seit 260, als die Römer das Gebiet der Alb verließen, nicht mehr bewohnt und deshalb von den Alemannen nicht als Siedlungsplatz gewählt worden. Im 15. Jahrhundert verkauften die Grafen von Helfenstein nach und nach ihren Grundbesitz und ihre übriggebliebenen Rechte an die auf dem Höhepunkt ihrer Macht stehende Reichsstadt Ulm, die das Dorf am Aftermontag des Sonntags Lätare im Jahre 1482 endgültig.
Merklingen erhielt einen eigenen Amtmann, der in das Haus Hauptstraße 62, das heutige "Alte Pfarrhaus", einzog, während der Pfarrer im Haus Friedhofstraße 1 wohnte. Schon wenige Jahre später (1490/91) konnte Merklingen seine 1452 erbaute und den Heiligen Drei Königen geweihte Kirche durch einen größeren, schön gewölbten Chor erweitern und darin 1510 einen Hochaltar aus der Ulmer Schule aufstellen. Den früher spitz zulaufenden Turm musste man 1798 wegen Baufälligkeit bis zu seinem quadratischen Unterteil abreißen; er konnte aber 1799 mit einer zwiebelförmigen Haube in der alten Höhe wieder aufgebaut werden.
Im Jahre 1551 wurde auf Kosten der Heiligenpflege das Heiligenhaus errichtet, das später bis 1971 die Funktion eines Rathauses besaß. Leider wurde es 1972 beim Bau des neuen Rathauses abgerissen. Solange Merklingen katholisch war, hatte es neben dem Pfarrer noch einen Geistlichen, der die Frühmesse abhielt. Er wohnte direkt neben der Kirche, wo heute das evangelische Gemeindehaus steht. Nach der Reformation diente dieses Haus als Schulhaus. 1764 wurde es durch das jetzt noch bestehende Haus ersetzt. Nach dem Bau des Alten Schulhauses 1839 wohnten dort die Schulmeister, bis im neuen Schulhaus 1912 zwei Lehrerwohnungen entstanden.
Neben der Landwirtschaft war bis in die 30er Jahre dieses Jahrhunderts die Leinenweberei der wichtigste Erwerbszweig der Merklinger Bürger. An der Stelle, wo heute der Kindergarten steht, befand sich früher das Brechhaus, in dem der Flachs so aufbereitet wurde, das er zu Leinen gewebt werden konnte. Mit über 100 Webstühlen war Merklingen einer der bedeutsameren Orte für die Leinenweberei. Noch heute erinnert das Bleichhäusle an diese Vergangenheit. Es wurde deshalb im Ortswappen dargestellt. Die silbernen Rechtecke im unteren Teil des Wappens stellen die in der Sonne zum Bleichen ausgelegten Leinenstücke dar. Im Bleichhäusle konnte der eigens angestellte Wächter sich den Tag über aufhalten und nachts die Leinenstücke aufbewahren.
Nur bis zum Jahre 1745 behielt Merklingen seinen eigenen Amtmann. Von diesem Jahr an musste der Nellinger Amtmann das Merklinger Amt mitversehen. Dadurch wurde das Merklinger Amtshaus frei. Der Pfarrer durfte es von da an bewohnen; das Haus Friedhofstraße 1 wurde verkauft. Nach der Eroberung der Reichsstadt Ulm durch bayerische Truppen im Jahre 1802 kam auch Merklingen zunächst mit dem gesamten Reichsstadtgebiet an Bayern, bis Württemberg 1810 den nördlichen Teil erhielt. Merklingen wurde dem Oberamt Blaubeuren zugeteilt, zu dem es bis 1938 gehörte; danach kam fast das gesamte Oberamt zum neuen Kreis Ulm. Seither gehört Merklingen wie früher zum Verwaltungsbereich der ehemaligen Reichsstadt.